Nuclear pore complexes (NPCs) have emerged as genome organizers, defining a particular nuclear compartment enriched for SUMO protease and proteasome activities, and act as docking sites for the repair of DNA damage. In fission yeast, the anchorage of perturbed replication forks to NPCs is an integral part of the recombination-dependent replication restart mechanism (RDR) that resumes DNA synthesis at terminally dysfunctional forks. By mapping DNA polymerase usage, we report that SUMO protease Ulp1-associated NPCs ensure efficient initiation of restarted DNA synthesis, whereas proteasome-associated NPCs sustain the progression of restarted DNA polymerase. In contrast to Ulp1-dependent events, this last function is not alleviated by preventing SUMO chain formation. By analyzing the role of the nuclear basket, the nucleoplasmic extension of the NPC, we reveal that the activities of Ulp1 and the proteasome cannot compensate for each other and affect the dynamics of RDR in distinct ways. Our work probes two distinct mechanisms by which the NPC environment ensures optimal RDR, both controlled by different NPC components.

中文翻译：

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SUMO 蛋白酶和核外围的蛋白酶体募集对停滞叉处的复制动态有不同的影响


核孔复合体 (NPC) 已成为基因组组织者，定义了富含 SUMO 蛋白酶和蛋白酶体活性的特定核区室，并充当修复 DNA 损伤的对接位点。在裂殖酵母中，受干扰的复制叉与 NPC 的锚定是重组依赖性复制重启机制 (RDR) 的一个组成部分，该机制可在末端功能失调的复制叉处恢复 DNA 合成。通过绘制 DNA 聚合酶的使用情况，我们报告 SUMO 蛋白酶 Ulp1 相关的 NPC 确保重新启动的 DNA 合成的有效启动，而蛋白酶体相关的 NPC 则维持重新启动的 DNA 聚合酶的进展。与 Ulp1 依赖性事件相反，最后一个功能不会通过阻止 SUMO 链形成而得到缓解。通过分析核篮的作用、NPC 的核质延伸，我们发现 Ulp1 和蛋白酶体的活性不能相互补偿，并以不同的方式影响 RDR 的动态。我们的工作探讨了 NPC 环境确保最佳 RDR 的两种不同机制，这两种机制均由不同的 NPC 组件控制。