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坂井 Ideonella PETase 酶的反应机制

Communications Chemistry ( IF 5.9 ) Pub Date : 2024-03-27 , DOI: 10.1038/s42004-024-01154-x
Tucker Burgin 1, 2 , Benjamin C Pollard 3, 4 , Brandon C Knott 3 , Heather B Mayes 3 , Michael F Crowley 3 , John E McGeehan 3, 5 , Gregg T Beckham 3 , H Lee Woodcock 4
Affiliation  


聚对苯二甲酸乙二醇酯 (PET) 是产量最丰富的聚酯塑料,可以通过Ideonella sakaiensis PETase 酶进行解聚。基于多种 PETase 晶体结构,该反应被提议通过由丝氨酸-组氨酸-天冬氨酸催化三联体介导的两步丝氨酸水解酶机制进行。为了阐明多步 PETase 催化机制,我们使用转移路径采样和似然最大化来确定 PETase 酶的最佳反应坐标。我们预测脱酰化可能是限速的,并且这两个步骤的反应坐标包括描述亲核攻击、酯键裂解和“移动组氨酸”机制的元素。我们发现 Trp185 的灵活性促进了反应,这为在限制 Trp185 运动的突变中观察到的活性降低提供了解释。总体而言,本研究使用公正的计算方法来揭示进一步设计塑料生物转化的一类重要酶所需的详细反应机制。





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更新日期:2024-03-28
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