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通过蛋白质型反应监测对复杂样品中的蛋白质型进行靶向定量
Analytical Chemistry ( IF 6.7 ) Pub Date : 2024-02-14 , DOI: 10.1021/acs.analchem.3c05578
Che-Fan Huang 1 , Jake T Kline 2 , Fernanda Negrão 1 , Matthew T Robey 1, 3 , Timothy K Toby 1 , Kenneth R Durbin 1, 3 , Ryan T Fellers 1, 3 , John J Friedewald 4 , Josh Levitsky 4 , Michael M I Abecassis 4 , Rafael D Melani 1 , Neil L Kelleher 1 , Luca Fornelli 2, 5
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现有的质谱分析用于对多个样品中的靶蛋白进行灵敏且特异性的测量,例如选择/多重反应监测(SRM/MRM)或平行反应监测(PRM),是基于肽的自下而上蛋白质组学方法。在这里,我们描述了一种基于 PRM 原理的方法,通过有针对性的自上而下的蛋白质组学来测量完整的蛋白质型,称为蛋白质型反应监测(PfRM)。我们探索了我们的方法克服自上而下蛋白质组学传统局限性的能力,例如灵敏度和重现性。我们还推出了一款新软件程序 Proteoform Finder(ProSight Native 的一部分),专为轻松分析 PfRM 数据而设计。 PfRM 最初通过量化三种标准蛋白质来进行基准测试。该测定的线性度在飞摩尔范围内显示出近 3 个数量级,检测和定量限制在低飞摩尔范围内。随后,我们将多重 PfRM 测定应用于复杂样本,以量化肝移植患者外周血单核细胞 (PBMC) 中的候选生物标志物,表明其可能的转化应用。这些结果表明,PfRM 有潜力有助于准确定量蛋白质生物标志物以用于诊断目的,并提高我们对蛋白质水平的疾病病因学的理解。
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