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通过分子动力学模拟探索小分子Hsp70-Bim PPI抑制剂的结合机制
Journal of Molecular Modeling ( IF 2.1 ) Pub Date : 2024-02-13 , DOI: 10.1007/s00894-024-05874-8 Xin Li 1 , Yuying Wang 2 , Maojun Jiang 1 , Fangkui Yin 1 , Hong Zhang 1 , Linjie Yuan 1 , Jingjing Liu 2 , Xingyu Wang 2 , Ziqian Wang 1 , Zhichao Zhang 1
Affiliation
抽象的
语境
Hsp70-Bim 蛋白-蛋白相互作用 (PPI) 界面已被确定为慢性粒细胞白血病 (CML) 治疗的特定靶点,并且开发了特定的抑制剂以表现出体内抗白血病活性。在此,我们探索了 Hsp70-Bim 抑制剂 6-(环己硫基)-3-((2-吗啉乙基)氨基)-1-oxo-1H-phenalene-2-carbonitrile ( S1g-6 ) 与 Hsp70 的结合机制通过 MD 模拟在原子水平上进行。 Hsp70 上的 TYR-149、THR-222、ALA-223 和 GLY-224 被确定为有助于形成 Hsp70/ S1g-6复合物的四个关键残基。此外,位点突变验证表明Hsp70的TYR-149是Hsp70-Bim PPI界面中的“热点”。这些结果可能有利于设计更多抑制剂来占据 Hsp70 表面的 Bim 结合位点。
方法
Gromacs-2021.3通过分子动力学(MD)方法预测了S1g-6和Hsp70的结合机制。 MD模拟采用100 ps NVT和100 ps NPT系综进行,力场选择Charmm36力场。温度设置为 300 K,时间步长为 2 fs,MD 模拟总时间为 500 ns。
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