当前位置: X-MOL 学术J. Proteome Res. › 论文详情
Our official English website, www.x-mol.net, welcomes your feedback! (Note: you will need to create a separate account there.)

COL1A2 条形码:通过鸟枪蛋白质组学鉴定骨种

Journal of Proteome Research ( IF 3.8 ) Pub Date : 2023-12-13 , DOI: 10.1021/acs.jproteome.3c00615
Kei Taniguchi 1 , Hajime Miyaguchi 1
Affiliation  


碎片骨头的物种鉴定仍然是考古学和法医学中的一项具有挑战性的任务。最近引起人们兴趣的此类碎片骨骼的物种鉴定方法是使用骨胶原蛋白。在这里,我们描述了一种类似于 DNA 条形码的方法,该方法读取骨骼中的胶原蛋白序列,并通过执行序列数据库搜索自动确定物种。该方法与骨样本的传统​​鸟枪蛋白质组学分析几乎相同,不同之处在于 SEQUEST 搜索引擎使用的数据库仅包含来自各种脊椎动物的 1 型胶原蛋白 α2 (COL1A2) 蛋白的条目。因此,在物种之间序列不同的COL1A2肽充当物种标记肽。在基于 SEQUEST 的鸟枪法蛋白质组学中,包含更多标记肽序列的蛋白质条目被分配更高的分数;因此,得分最高的蛋白质条目将是所分析骨骼来源物种的 COL1A2 条目。我们使用 30 种脊椎动物的骨骼样本测试了我们的方法,发现所有物种都被正确识别。总之,COL1A2可以用作骨蛋白条形码,并且可以通过鸟枪式蛋白质组学读取,从而实现骨种类的自动识别。数据可通过 ProteomeXchange 获得,标识符为 PXD045402。




"点击查看英文标题和摘要"

更新日期:2023-12-13
down
wechat
bug