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KCl 刺激的小鼠原代皮质神经元中全基因组 5-甲酰胞嘧啶重新分布与神经元活动相关
ACS Chemical Neuroscience ( IF 4.1 ) Pub Date : 2023-11-29 , DOI: 10.1021/acschemneuro.3c00554
Du Wu 1, 2 , Kaixin Huang 1, 2 , Jichun Shi 1, 2 , Sha Liu 3 , Wenjing Wang 1 , Jiazhi Jiang 1 , Haobin Ren 4 , Tongyu Chen 1 , Shengda Ye 1 , Jincao Chen 1 , Wei Wei 1, 2 , Xiang Li 1, 2, 5, 6, 7
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在哺乳动物神经元中已发现 DNA 去甲基化中间体的大量积累。虽然 5-甲基胞嘧啶 (5mC) 和 5-羟甲基胞嘧啶 (5hmC) 在神经元功能中的作用已被广泛研究,但人们对神经元中的 5-甲酰胞嘧啶 (5fC) 知之甚少。因此,本研究旨在探讨5fC在神经元中的全基因组分布和潜在功能。在小鼠原代皮质神经元的体外培养模型中,我们观察到氯化钾(KCl)刺激后神经元基因组中总 5fC 水平的动态增加。随后,我们采用化学标记的 C 到 T 转换测序 (CLEVER-seq) 以单碱基分辨率检查 5fC 分布。生物信息学分析显示5fC在启动子区域富集,基因本体(GO)分析表明差异甲酰化位置(DFP)与神经元活性相关。此外,与之前发表的新生 RNA-seq 数据的整合揭示了基因甲酰化和 mRNA 表达水平之间的正相关性。此外,还验证了 6 个呈正相关的神经活动相关基因。此外,通过多组学分析,我们在 5fC 位点附近观察到更高的染色质可及性和 RNA pol II 结合信号。基序分析确定了 5fC 的潜在读取蛋白。总之,我们的工作为研究 5fC 在激活的哺乳动物神经元中的动态变化和功能作用提供了宝贵的资源。
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