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TRS:一种根据 RNAtag-seq 测序数据确定转录本末端的方法
Nature Communications ( IF 14.7 ) Pub Date : 2023-11-29 , DOI: 10.1038/s41467-023-43534-2
Amir Bar 1 , Liron Argaman 1 , Michal Eldar 1 , Hanah Margalit 1
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在细菌中,转录本 3' 末端的确定在基因表达调控中起着至关重要的作用,影响转录本的功能和稳定性。人们开发了几种实验方法来鉴定转录本的 3' 末端,然而,这些方法仅适用于有限数量的细菌和生长条件。在这里,我们提出了一种从广泛可用的 RNA-seq 数据中识别 3' 末端的简单方法,无需额外的实验。我们的方法依赖于 RNAtag-seq 测序方案导致映射到转录本 3' 末端的读数过多的观察结果。我们提出了 TRS(Read Starts 的 Termini),这是一种利用这一特性来识别 RNAtag-seq 数据中的 3' 末端的计算管道,并表明所识别的 3' 末端是高度可靠的。由于 RNAtag-seq 数据可广泛用于许多细菌和生长条件,因此我们的方法为在前所未有的范围内研究细菌转录终止铺平了道路。





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更新日期:2023-11-29
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