当前位置:
X-MOL 学术
›
Commun. Chem.
›
论文详情
Our official English website, www.x-mol.net, welcomes your
feedback! (Note: you will need to create a separate account there.)
通过对机器学习预测的非有害 CDR 突变进行实验采样来增强抗体亲和力
Communications Chemistry ( IF 5.9 ) Pub Date : 2023-11-09 , DOI: 10.1038/s42004-023-01037-7
Thomas Clark 1 , Vidya Subramanian 1 , Akila Jayaraman 1 , Emmett Fitzpatrick 1 , Ranjani Gopal 1 , Niharika Pentakota 1 , Troy Rurak 1 , Shweta Anand 1 , Alexander Viglione 1 , Rahul Raman 2 , Kannan Tharakaraman 1 , Ram Sasisekharan 2
Affiliation
|
机器学习 (ML) 模型在优化抗体对抗原的亲和力方面的应用越来越受到重视。遗憾的是,公开可用的抗体-抗原相互作用数据集体积小且有偏差,这使得构建能够准确预测突变引起的结合亲和力变化 (ΔΔG) 的 ML 模型变得具有挑战性。认识到这些固有的局限性,我们重新制定了这个问题,以询问能够对有害突变和非有害突变进行分类的 ML 模型是否可以在实际环境中指导抗体亲和力成熟。为了验证这一假设,我们开发了一个具有专家指导功能的随机森林分类器(抗体随机森林分类器或 AbRFC),并将其集成到计算实验工作流程中。AbRFC 在内部验证数据集上有效地预测了无害突变,该数据集没有公开可用的训练数据集中的偏差。此外,对模型(<10^2 设计)中有限数量的预测的实验筛选在两种不相关的 SARS-CoV-2 抗体中发现了亲和力增强突变,导致构建体与 SARS-COV-2 RBD 的结合增加了 1000 倍。我们的研究结果表明,使用机器学习准确预测和筛选非有害突变为提高抗体亲和力提供了一种强大的方法。

"点击查看英文标题和摘要"