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整合子的功能富集：抗菌素耐药性和生态位适应的促进者
iScience ( IF 4.6 ) Pub Date : 2023-10-24 , DOI: 10.1016/j.isci.2023.108301 Timothy M Ghaly 1 , Vaheesan Rajabal 1, 2 , Anahit Penesyan 1, 2 , Nicholas V Coleman 1 , Ian T Paulsen 1, 2 , Michael R Gillings 1, 2 , Sasha G Tetu 1, 2
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整合子是在多种细菌和古细菌中发现的遗传元件，它们捕获并重新排列基因盒以快速产生遗传多样性并驱动适应。尽管它们在分类学和地理上广泛流行，并且在微生物适应中发挥作用，但基因盒的功能仍然知之甚少。在这里，我们结合生物信息学和实验分析，检查了来自不同环境的基因盒的功能多样性。我们发现盒编码多种抗菌素耐药性（AMR）决定因素，包括那些对目前正在开发的抗生素产生耐药性的决定因素。此外，我们发现盒式功能的子集相对于其更广泛的宏基因组普遍丰富。这些主要涉及生物相互作用，包括抗菌素耐药性、噬菌体防御、毒力、生物降解和应激耐受性。其余功能是样本特定的，表明它们赋予与其微环境相关的局部功能。它们共同构成了与大量宏基因组不同的功能谱，代表了原核全基因组的生态位适应性成分。
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