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紧凑工程人类机械敏感反式激活模块可实现有效且多功能的合成转录控制
Nature Methods ( IF 36.1 ) Pub Date : 2023-10-09 , DOI: 10.1038/s41592-023-02036-1
Barun Mahata 1 , Alan Cabrera 1 , Daniel A Brenner 1 , Rosa Selenia Guerra-Resendez 2 , Jing Li 1 , Jacob Goell 1 , Kaiyuan Wang 1 , Yannie Guo 1 , Mario Escobar 3 , Abinand Krishna Parthasarathy 1 , Hailey Szadowski 2 , Guy Bedford 1 , Daniel R Reed 1 , Sunghwan Kim 1 , Isaac B Hilton 1, 2, 3
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工程化反式激活结构域 (TAD) 与可编程 DNA 结合平台相结合,彻底改变了合成转录控制。尽管基于可编程 CRISPR-Cas 的反式激活 (CRISPRa) 技术最近取得了进展,但这些系统中使用的 TAD 通常包含耐受性差的元件和/或对于许多应用来说太大。在这里,我们定义并优化了由人类机械敏感转录因子构建的最小 TAD。我们使用这些组件构建了有效且紧凑的多部分反式激活模块(MSN、NMS 和 eN3x9),并构建了 CRISPR-dCas9 招募的增强激活模块(CRISPR-DREAM)平台。我们发现 CRISPR-DREAM 在哺乳动物细胞类型中具有特异性和稳健性,并且可以有效地刺激不同调控位点的转录。我们还表明,MSN 和 NMS 可跨 I、II 和 V 型 CRISPR 系统、转录激活因子样效应子和锌指蛋白移植。此外,作为概念证明,我们使用 dCas9-NMS 将人类成纤维细胞有效地重编程为诱导多能干细胞,并证明机械敏感转录因子 TAD 在治疗上重要的原代人类细胞类型中有效且具有良好的耐受性。最后,我们利用这些工程 TAD 的紧凑而强大的功能来构建双合一 CRISPRa AAV 系统。总而言之,这些紧凑的人类 TAD、融合模块和递送架构对于生物医学应用中的合成转录控制应该很有价值。

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