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用于沉默致癌 KRAS 的有效 siRNA 的计算设计和验证

3 Biotech ( IF 2.6 ) Pub Date : 2023-09-29 , DOI: 10.1007/s13205-023-03767-w
Prasanna Srinivasan Ramalingam 1 , Sivakumar Arumugam 1
Affiliation  


致癌 KRAS 突变会驱动肺、结肠、乳腺癌和胰腺导管腺癌的癌症进展。除了针对 KRAS 突变癌症的当前策略(如 KRAS 上游抑制剂、下游效应子抑制剂、相互作用抑制剂、细胞周期抑制剂和直接 KRAS 抑制剂)外,治疗性小干扰 RNA (siRNA) 代表了一种有前途的替代策略,它直接与靶 mRNA 结合并通过 mRNA 降解抑制蛋白质翻译。在这里,在本研究中,我们利用各种计算机方法来设计针对 KRAS mRNA 的潜在 siRNA 候选者。我们已经预测了近 17 种针对 KRAS mRNA 的 siRNA,并进一步通过各种标准,如 U、R 和 A 规则、GC%、二级结构形成、mRNA-siRNA 双链体稳定性、Tm (Cp)、Tm (Conc) 和抑制效率,它们已被过滤成 4 个潜在的 siRNA,即 siRNA8、siRNA11、siRNA12 和 siRNA17。此外,分子对接分析显示,siRNA8、siRNA11、siRNA12 和 siRNA17 显示出更高的负结合能,例如 − 379.13 kcal/mol、− 360.19 kcal/mol、− 288.47 kcal/mol 和 − 329.76 kcal/mol,分别朝向人 Argonaute2 蛋白 (hAgo2)。此外,hAgo2-siRNA 复合物的正常模式分析表明,在动态环境中 siRNA 分子结合后,hAgo2 蛋白的结构变化和变形,这表明这些 siRNA 可能有效。 最后,我们得出结论,这 4 种 siRNA 对 KRAS mRNA 具有治疗潜力,也必须在体外和体内进行研究,以评估它们对突变型 KRAS(不降解野生型 KRAS)的特异性此外,目前使用 siRNA 疗法的挑战可以通过新兴的 siRNA 递送方法克服,例如抗体-siRNA 偶联物 (ARC) 和明胶-抗体递送系统 (GADS), 在不久的将来,这些 siRNA 可以用作针对 KRAS 突变癌症的潜在治疗剂。





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更新日期:2023-09-29
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