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揭示 rho 相关卷曲螺旋激酶 1 (ROCK1) 抑制的机制细节:药效团作图和自由能分析的意义
Process Biochemistry ( IF 3.7 ) Pub Date : 2023-09-27 , DOI: 10.1016/j.procbio.2023.09.022 Ashish Gupta , Rituraj Purohit
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更新日期:2023-09-27
Process Biochemistry ( IF 3.7 ) Pub Date : 2023-09-27 , DOI: 10.1016/j.procbio.2023.09.022 Ashish Gupta , Rituraj Purohit
Rho 相关卷曲螺旋激酶 (ROCK) 对于各种细胞过程至关重要,并且在神经系统和炎症性疾病中发挥着至关重要的作用。两种 ROCK 亚型(ROCK1 和 ROCK2)参与多种疾病的发病机制。在阿尔茨海默病 (AD) 患者中观察到 ROCK1 水平升高,这使其成为一个有前途的药物靶点。这项工作结合了配体和基于结构的药物设计技术,展示了抑制剂在 ROCK1 活性位点结合的机制。对先前报道的 ROCK1 抑制剂进行了基于配体的药效团研究,以揭示 ROCK1 抑制所必需的 3D 空间和电子特征。进行了分子对接和基于分子动力学的自由能分析研究,以通过稳定已识别的药效团特征来识别有助于抑制剂结合的氨基酸。ROCK1 抑制剂的关键 3D 药效团特征包括疏水性 (HYD)、氢键受体 (HBA) 和氢键供体 (HBD) 特征。从详细的相互作用分析中可以明显看出,这些特征位于 ROCK1 活性位点中的互补氨基酸旁边。自由能计算提供了 Gly83、Val90、Lys105、Asp160、Leu205 和 Asp216 对总结合能的有利能量贡献的可量化估计。这些氨基酸对 ROCK1 抑制剂复合物的整体结合自由能有显着贡献,表明它们在抑制剂结合中的重要性。
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