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Xrn1 抗性 RNA 基序分布在整个 RNA 病毒组中,并且能够阻止扫描核糖体
Scientific Reports ( IF 3.8 ) Pub Date : 2023-09-25 , DOI: 10.1038/s41598-023-43001-4
Ivar W Dilweg 1 , Jasper Peer 1 , René C L Olsthoorn 1
Affiliation  

能够防止 5'–3' 核糖核酸外切酶 Xrn1 降解的 RNA 已成为越来越多的 RNA 病毒感染过程中的关键结构。一些植物病毒采用所谓的 coremin 基序,这是一种 Xrn1 抗性 RNA,通常位于 3' 非翻译区。对其结构和序列要求的研究导致其在最初发现 coremin 基序的植物病毒家族之外的植物病毒家族中得到鉴定。在这项研究中,我们鉴定了类似 coremin 的基序,其 5' 近端发夹环区域中存在的核苷酸数量与原始基序有所不同。它们存在于许多以前尚未鉴定出 Xrn1 抗性 RNA 的病毒科中,包括双链 RNA 病毒科 Hypoviridae 和 Chrysoviridae。通过系统突变分析,我们证明在 5' 近端发夹中携带 6 核苷酸环的 coremin 基序通常需要 YGNNAD 共识来阻止 Xrn1,类似于之前确定的原始 coremin 基序的 Xrn1 抗性所需的 YGAD 共识。此外,我们确定了 3' 近端发夹的最低要求。由于在基因间区域或编码序列中发现了一些推定的 coremin 基序,我们通过体外核糖体扫描抑制测定证明了它们抑制翻译的能力。因此,这项研究进一步扩大了具有已知 Xrn1 抗性元件的病毒家族的数量,同时为该结构添加了一种新颖的、潜在的调节功能。





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更新日期:2023-09-25
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