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CRISPR-ChIP 揭示 MLL 白血病中 Menin 对 H3K79me2 的选择性调控
Nature Structural & Molecular Biology ( IF 12.5 ) Pub Date : 2023-09-07 , DOI: 10.1038/s41594-023-01087-4 Omer Gilan 1, 2, 3 , Laure Talarmain 1, 2 , Charles C Bell 1, 2 , Daniel Neville 3 , Kathy Knezevic 1 , Daniel T Ferguson 3 , Marion Boudes 4 , Yih-Chih Chan 1, 2 , Chen Davidovich 4, 5 , Enid Y N Lam 1, 2 , Mark A Dawson 1, 2, 6, 7
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更新日期:2023-09-07
Nature Structural & Molecular Biology ( IF 12.5 ) Pub Date : 2023-09-07 , DOI: 10.1038/s41594-023-01087-4 Omer Gilan 1, 2, 3 , Laure Talarmain 1, 2 , Charles C Bell 1, 2 , Daniel Neville 3 , Kathy Knezevic 1 , Daniel T Ferguson 3 , Marion Boudes 4 , Yih-Chih Chan 1, 2 , Chen Davidovich 4, 5 , Enid Y N Lam 1, 2 , Mark A Dawson 1, 2, 6, 7
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染色质调控涉及选择性招募染色质因子以促进 DNA 修复、复制和转录。在这里,我们展示了将无偏功能基因组学与染色质免疫沉淀 (CRISPR–ChIP) 结合起来的实用性,以识别与哺乳动物细胞中活性染色质修饰相关的因素。具体来说,包含感兴趣的顺式调节元件和单个引导RNA的整合报告基因提供了染色质化模板,用于直接读出与活跃转录基因(例如H3K4me3和H3K79me2)相关的组蛋白修饰调节剂。通过 CRISPR–ChIP,我们鉴定了 H3K4me3 所需的所有非冗余 COMPASS 复合体成员,并证明 RNA 聚合酶 II 对于维持 H3K4me3 是必不可少的。由于 H3K79me2 在 MLL 易位驱动的白血病细胞中具有假定的致癌功能,因此使用 CRISPR-ChIP,我们揭示了 H3K79 甲基化的功能分区为两个不同的调节单元:由 MLL 融合蛋白以 Menin 依赖性方式指导的致癌 DOT1L 复合物和一个单独的内源性 DOT1L 复合物,其中催化活性由 MLLT10 指导。总体而言,CRISPR-ChIP 为公正地探究染色质调控机制提供了一个强大的工具。
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