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利用人机交互加速肽水凝胶的预测和发现
Nature Communications ( IF 14.7 ) Pub Date : 2023-06-30 , DOI: 10.1038/s41467-023-39648-2
Tengyan Xu 1, 2 , Jiaqi Wang 3, 4, 5 , Shuang Zhao 5 , Dinghao Chen 1 , Hongyue Zhang 1 , Yu Fang 1 , Nan Kong 1 , Ziao Zhou 1 , Wenbin Li 3, 4, 5 , Huaimin Wang 1, 2, 3
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更新日期:2023-06-30
Nature Communications ( IF 14.7 ) Pub Date : 2023-06-30 , DOI: 10.1038/s41467-023-39648-2
Tengyan Xu 1, 2 , Jiaqi Wang 3, 4, 5 , Shuang Zhao 5 , Dinghao Chen 1 , Hongyue Zhang 1 , Yu Fang 1 , Nan Kong 1 , Ziao Zhou 1 , Wenbin Li 3, 4, 5 , Huaimin Wang 1, 2, 3
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肽的氨基酸序列决定了它们的自组装特性。然而,准确预测肽水凝胶的形成仍然是一项具有挑战性的任务。这项工作描述了一种交互式方法,涉及实验和机器学习之间的相互信息交换,以实现(四)肽水凝胶的稳健预测和设计。我们化学合成了 160 多种天然四肽并评估其水凝胶形成能力,然后采用机器学习实验迭代循环来提高凝胶预测的准确性。我们构建了一个耦合聚集倾向、疏水性和凝胶校正因子C g的评分函数,并生成了8,000个序列的文库,其中预测水凝胶形成的成功率达到87.1%。值得注意的是,从头开始设计的肽水凝胶在小鼠模型中增强了 SARS-CoV-2 受体结合域的免疫反应。我们的方法利用了机器学习预测肽水凝胶的潜力,并显着扩大了天然肽水凝胶的范围。

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