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DEDTI 与 IEDTI:药物-靶点相互作用的有效预测模型
Scientific Reports ( IF 3.8 ) Pub Date : 2023-06-07 , DOI: 10.1038/s41598-023-36438-0
Arash Zabihian 1, 2 , Faeze Zakaryapour Sayyad 3 , Seyyed Morteza Hashemi 3 , Reza Shami Tanha 3 , Mohsen Hooshmand 3 , Sajjad Gharaghani 1
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药物再利用是一个活跃的研究领域,旨在降低药物开发的成本和时间。这些努力中的大部分主要关注药物-靶标相互作用的预测。许多评估模型,从矩阵分解到更前沿的深度神经网络,已经出现在现场识别这种关系。一些预测模型致力于预测的质量,而另一些则致力于预测模型的效率,例如嵌入生成。在这项工作中,我们提出了对更多预测和分析有用的药物和目标的新表示。使用这些表示,我们提出了 IEDTI 和 DEDTI 的两个归纳深度网络模型,用于药物-靶标相互作用预测。他们都使用新表示的积累。IEDTI 利用三元组并将输入的累积相似性特征映射到有意义的嵌入对应向量中。然后,它将深度预测模型应用于每个药物-靶点对以评估它们的相互作用。DEDTI 直接使用药物和目标的累积相似性特征向量,并对每一对应用预测模型来识别它们的相互作用。我们对 DTINet 数据集和黄金标准数据集进行了全面模拟,结果表明 DEDTI 优于 IEDTI 和最先进的模型。此外,我们对两个药物-靶标对之间新的预测相互作用进行了对接研究,结果证实了两个预测对之间可接受的药物-靶标结合亲和力。它将深度预测模型应用于每个药物-靶标对以评估它们的相互作用。DEDTI 直接使用药物和目标的累积相似性特征向量,并对每一对应用预测模型来识别它们的相互作用。我们对 DTINet 数据集和黄金标准数据集进行了全面模拟,结果表明 DEDTI 优于 IEDTI 和最先进的模型。此外,我们对两个药物-靶标对之间新的预测相互作用进行了对接研究,结果证实了两个预测对之间可接受的药物-靶标结合亲和力。它将深度预测模型应用于每个药物-靶标对以评估它们的相互作用。DEDTI 直接使用药物和目标的累积相似性特征向量,并对每一对应用预测模型来识别它们的相互作用。我们对 DTINet 数据集和黄金标准数据集进行了全面模拟,结果表明 DEDTI 优于 IEDTI 和最先进的模型。此外,我们对两个药物-靶标对之间新的预测相互作用进行了对接研究,结果证实了两个预测对之间可接受的药物-靶标结合亲和力。DEDTI 直接使用药物和目标的累积相似性特征向量,并对每一对应用预测模型来识别它们的相互作用。我们对 DTINet 数据集和黄金标准数据集进行了全面模拟,结果表明 DEDTI 优于 IEDTI 和最先进的模型。此外,我们对两个药物-靶标对之间新的预测相互作用进行了对接研究,结果证实了两个预测对之间可接受的药物-靶标结合亲和力。DEDTI 直接使用药物和目标的累积相似性特征向量,并对每一对应用预测模型来识别它们的相互作用。我们对 DTINet 数据集和黄金标准数据集进行了全面模拟,结果表明 DEDTI 优于 IEDTI 和最先进的模型。此外,我们对两个药物-靶标对之间新的预测相互作用进行了对接研究,结果证实了两个预测对之间可接受的药物-靶标结合亲和力。





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更新日期:2023-06-07
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