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展开 NPT 模拟以计算扩散系数
Journal of Chemical Theory and Computation ( IF 5.7 ) Pub Date : 2023-05-31 , DOI: 10.1021/acs.jctc.3c00308 Jakob Tómas Bullerjahn 1 , Sören von Bülow 2 , Maziar Heidari 1 , Jérôme Hénin 3 , Gerhard Hummer 1, 4
Journal of Chemical Theory and Computation ( IF 5.7 ) Pub Date : 2023-05-31 , DOI: 10.1021/acs.jctc.3c00308 Jakob Tómas Bullerjahn 1 , Sören von Bülow 2 , Maziar Heidari 1 , Jérôme Hénin 3 , Gerhard Hummer 1, 4
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在恒压下 NPT 系综的分子动力学模拟中，周期性模拟盒的大小和形状随时间波动。对于远离原点的粒子图像，恒压器对框的重新缩放会导致无限的位置位移。因此，当粒子轨迹在周期性边界条件下从投影到中心框展开到完整三维空间中的轨迹时，例如用于计算平移扩散系数时，需要特别小心。在这里，我们回顾并比较了用于轨迹展开的不同方案。我们还指定了相应的重新包装方案，以将展开的轨迹放回中央框。在此基础上，我们确定了一种从 NPT 模拟中计算扩散系数的方案，这是轨迹展开的主要应用。在此方案中，包裹和展开的轨迹相互一致，并且保留了它们的统计特性。最后，我们就恒定压力模拟轨迹的一致展开和准确平移扩散系数的计算的最佳实践提出了建议。
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更新日期：2023-05-31
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