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抗体 BG4 与小分子配体 TASQ 的 G-四链体 （G4） 捕获效率的并排比较
iScience ( IF 4.6 ) Pub Date : 2023-05-06 , DOI: 10.1016/j.isci.2023.106846
Yilong Feng 1 , Zexue He 1 , Zhenyu Luo 1 , Francesco Rota Sperti 2 , Ibai E Valverde 2 , Wenli Zhang 1 , David Monchaud 2
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在整个基因组中寻找 G-四链体 （G4） 形成序列的动机是它们参与关键细胞过程以及它们在人类遗传疾病失调中的假定作用。已经开发了基于测序的方法来评估全基因组 DNA G4s 的普遍性，包括使用 G4 稳定剂 PDS 检测纯化 DNA 中 G4s（体外 ）的 G4-seq，以及使用 G4 特异性抗体 BG4 检测原位固定染色质（体内 ）中的 G4s 的 G4-seq。我们最近报道了 G4-RNA 沉淀和测序 （G4RP-seq），以使用小分子 BioTASQ 评估 RNA G4 景观的体内流行率。在这里，我们应用这种技术来定位植物（水稻）中的 DNA G4，并将这种新技术 G4-DNA 沉淀和测序 G4DP-seq 的效率与我们开发的用于使用 BG4 定位水稻中 DNA G4 的效率进行了比较。通过这样做，我们比较了小尺寸配体 （BioTASQ 和 BioCyTASQ） 与抗体 BG4 的 G4 捕获能力。
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