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推断具有无法获得的癌前病变的癌症的早期遗传进展
Nature Cancer ( IF 23.5 ) Pub Date : 2023-04-20 , DOI: 10.1038/s43018-023-00533-y
Ignaty Leshchiner 1 , Edmund A Mroz 2, 3 , Justin Cha 1 , Daniel Rosebrock 1 , Oliver Spiro 1 , Juliana Bonilla-Velez 4 , William C Faquin 5, 6 , Armida Lefranc-Torres 4 , Derrick T Lin 4 , William A Michaud 7 , Gad Getz 1, 6, 8, 9 , James W Rocco 2, 3, 10
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更新日期:2023-04-21
Nature Cancer ( IF 23.5 ) Pub Date : 2023-04-20 , DOI: 10.1038/s43018-023-00533-y
Ignaty Leshchiner 1 , Edmund A Mroz 2, 3 , Justin Cha 1 , Daniel Rosebrock 1 , Oliver Spiro 1 , Juliana Bonilla-Velez 4 , William C Faquin 5, 6 , Armida Lefranc-Torres 4 , Derrick T Lin 4 , William A Michaud 7 , Gad Getz 1, 6, 8, 9 , James W Rocco 2, 3, 10
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对癌前组织的分析已经确定了导致几种癌症类型中侵袭性肿瘤的典型躯体事件顺序。对于其他癌症,癌前组织无法获得,遗传进展未知。在这里,我们演示了如何从原发性肿瘤的外显子组测序推断进展。我们的计算方法 PhylogicNDT 概括了之前通过实验确定的人乳头瘤病毒阴性 (HPV – ) 头颈部鳞状细胞癌 (HNSCC) 的遗传进展。然后我们评估了 HPV +HNSCC 缺乏癌前组织,并揭示了其以前未知的进展,确定了早期驱动因素。我们根据时钟样突变特征将驱动突变和 HPV 整合的相对时间估计转换为诊断前的年数。我们将过渡到非整倍体的时间与肿瘤内遗传异质性增加和总生存期缩短联系起来。我们的方法可以通过无法获得的癌前组织建立以前未知的癌症早期遗传进展,支持开发用于早期检测、拦截和预测的实验模型和方法。
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