胞嘧啶修饰的模块化氧化及其在 5-羟甲基胞嘧啶直接定量测序中的应用,Journal of the American Chemical Society

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胞嘧啶修饰的模块化氧化及其在 5-羟甲基胞嘧啶直接定量测序中的应用
Journal of the American Chemical Society ( IF 14.4 ) Pub Date : 2023-03-24 , DOI: 10.1021/jacs.3c01663
Haiqi Xu _{1,

2,

3} , Jinfeng Chen _{1,

2} , Jingfei Cheng _{1,

2} , Linzhen Kong _{1,

2} , Xiufei Chen _{1,

2} , Masato Inoue _{1,

2} , Yibin Liu _{4,

5} , Skirmantas Kriaucionis ₁ , Meiping Zhao ₃ , Chun-Xiao Song _{1,

2}

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胞嘧啶修饰的选择性、高效和可控氧化对于表观遗传分析很有价值，但只取得了有限的进展。^{在这里，我们提出了两个模块化化学氧化反应：使用 4-acetamido-2,2,6,6-tetramethylpiperidine-1-oxoammonium tetrafluoroborate (ACT +} BF _{4 –} ) 将 5-羟甲基胞嘧啶 (5hmC) 转化为 5-甲酰胞嘧啶 (5fC ⁾) 并通过 Pinnick 氧化将 5fC 进一步转化为 5-羧基胞嘧啶 (5caC)。这两种反应对双链 DNA 都是温和有效的。我们将这两种氧化与硼烷还原相结合，以开发化学辅助吡啶硼烷测序加 (CAPS+)，用于 5hmC 的直接和定量映射。与CAPS相比，CAPS+提高了转化率和误报率。我们将 CAPS+ 应用于小鼠胚胎干细胞、人类正常大脑和胶质母细胞瘤 DNA 样本，并展示了其在分析羟甲基组方面的卓越灵敏度。

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更新日期：2023-03-24

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