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肺腺癌潜在肿瘤抗原和免疫亚型的鉴定
Medical Oncology ( IF 2.8 ) Pub Date : 2023-02-21 , DOI: 10.1007/s12032-023-01973-3 Maoshu Bai 1 , Xin Liu 2 , Lingling Wang 1
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更新日期:2023-02-22
Medical Oncology ( IF 2.8 ) Pub Date : 2023-02-21 , DOI: 10.1007/s12032-023-01973-3 Maoshu Bai 1 , Xin Liu 2 , Lingling Wang 1
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在肺腺癌 (LUAD) 中,肿瘤抗原和免疫表型对于癌症免疫治疗很重要。本研究旨在确定 LUAD 的潜在肿瘤抗原和免疫亚型。本研究从 TCGA 和 GEO 数据库中收集 LUAD 患者的基因表达谱和相关临床数据。然后,我们首先鉴定了四个与LUAD患者生存相关的拷贝数变异和突变的基因,其中FAM117A、INPP5J和SLC25A42被筛选为潜在的肿瘤抗原。这些基因的表达与B细胞CD4 +浸润显着相关使用 TIMER 和 CIBERSORT 算法的 T 细胞和树突细胞。通过使用生存相关免疫基因,使用非负矩阵分解算法将 LUAD 患者分为三个免疫簇:C1(免疫沙漠)、C2(免疫活跃)和 C3(发炎)。在 TCGA 和两个 GEO LUAD 队列中,与 C1 和 C3 集群相比,C2 集群显示出良好的总体生存率。在这三个簇中发现了不同的免疫细胞浸润模式、免疫相关分子特征和药物敏感性。此外,免疫景观图中的不同位置使用降维表现出不同的预后特征,为免疫簇提供了进一步的证据。加权基因共表达网络分析用于识别这些免疫基因的共表达模块。三种亚型与绿松石模块基因列表呈显着正相关,预后良好,评分高。我们希望鉴定出的肿瘤抗原和免疫亚型能够用于 LUAD 患者的免疫治疗和预后判断。
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