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染色质可达性景观揭示了小麦籽粒发育过程中亚基因组差异的调控网络
aBIOTECH Pub Date : 2023-02-10 , DOI: 10.1007/s42994-023-00095-8 Hongcui Pei 1 , Yushan Li 1 , Yanhong Liu 1 , Pan Liu 1 , Jialin Zhang 1 , Xueni Ren 1 , Zefu Lu 1
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更新日期:2023-02-12
aBIOTECH Pub Date : 2023-02-10 , DOI: 10.1007/s42994-023-00095-8 Hongcui Pei 1 , Yushan Li 1 , Yanhong Liu 1 , Pan Liu 1 , Jialin Zhang 1 , Xueni Ren 1 , Zefu Lu 1
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小麦( Triticum aestivum L. )籽粒的发育主要依赖于淀粉合成和贮藏蛋白积累过程,这对籽粒产量和品质至关重要。然而,谷物发育的转录和生理变化背后的调控网络仍不清楚。在这里,我们结合 ATAC-seq 和 RNA-seq 来发现这些过程中的染色质可及性和基因表达动态。我们发现染色质可及性的变化与差异转录组表达密切相关,并且远端ACR的比例在籽粒发育过程中逐渐增加。特定转录因子(TF)结合位点在不同阶段富集,并且在3个亚基因组中多样化。我们进一步预测了关键转录因子与淀粉和储存蛋白生物合成相关基因之间的潜在相互作用,发现一些关键转录因子的不同拷贝发挥着多样化的作用。总体而言,我们的研究结果提供了大量资源,并说明了小麦籽粒发育过程中的调控网络,这将为提高小麦产量和品质提供线索。
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