HyPep：一种使用序列同源性搜索识别和发现神经肽的开源软件,Journal of Proteome Research

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HyPep：一种使用序列同源性搜索识别和发现神经肽的开源软件
Journal of Proteome Research ( IF 3.8 ) Pub Date : 2023-01-25 , DOI: 10.1021/acs.jproteome.2c00597
Nhu Q Vu ₁ , Hsu-Ching Yen ₂ , Lauren Fields ₁ , Weifeng Cao ₁ , Lingjun Li _{1,

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神经肽是一类内源性肽，在生化、生理和行为过程中具有关键的调节作用。神经肽的质谱分析通常依赖于蛋白质信息学工具进行数据库搜索和肽鉴定。由于神经肽数据库通常是通过实验建立的，并且由彼此具有高度序列相似性的短序列组成，我们开发了一种新的数据库搜索工具 HyPep，它利用序列同源性搜索来识别肽。HyPep 将通过 PEAKS 软件生成的从头测序肽与神经肽数据库序列进行比对，并根据比对得分识别神经肽。使用 LC-MS/MS 测量来自不同来源的肽提取物来优化 HyPep 性能Callinectes sapidus神经元组织类型，并与商业数据库搜索软件 PEAKS DB 进行比较。HyPep 从每种组织类型中识别出的神经肽比 PEAKS DB 多，错误发现率为 1%，两个程序的错误匹配率为 2%。除了识别之外，本报告还描述了 HyPep 如何帮助发现新型神经肽。

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更新日期：2023-01-25

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