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使用 PacBio 和 Hi-C 技术对 Takifugu ocellatus 进行染色体水平单倍型解析基因组组装
Scientific Data ( IF 5.8 ) Pub Date : 2023-01-11 , DOI: 10.1038/s41597-023-01937-2
Qingmin Zeng 1 , Zhixiong Zhou 2, 3 , Qian He 2, 3 , Leibin Li 1 , Fei Pu 2, 3 , Mengzhen Yan 2, 3 , Peng Xu 2, 3
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东方鲀物种因其紧凑的基因组和多样化的表型而成为进化研究的模型系统。单眼河鲀 ( Takifugu ocellatus ) 具有特殊的颜色,是塔基东方鲀属中稀有的溯河产卵物种。眼斑鱼作为一种观赏性和美味性鱼类,具有中等的经济价值。然而,这种河豚的可用基因组资源仍然有限。在这里,通过 PacBio HiFi 长测序和 Hi-C 技术构建了一个染色体水平的参考基因组以及两个单倍体基因组。参考基因组的总长度为 375.62 Mb,重叠群 N50 为 11.55 Mb。组装后的序列锚定于22条染色体,整合效率为93.78%。此外,还预测了 28,808 个蛋白质编码基因。 T. ocellatus的单倍型解析参考基因组为研究Takifugu属的爆炸性物种形成提供了重要资源,例如阐明进化历史、确定性状进化的遗传基础以及支持未来的保护工作。
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