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使用重编程的 tracrRNA 在单个细菌细胞中记录 RNA
Nature Biotechnology ( IF 33.1 ) Pub Date : 2023-01-05 , DOI: 10.1038/s41587-022-01604-8 Chunlei Jiao 1 , Claas Reckstadt 1 , Fabian König 2 , Christina Homberger 3 , Jiaqi Yu 1 , Jörg Vogel 1, 3, 4 , Alexander J Westermann 1, 3 , Cynthia M Sharma 2 , Chase L Beisel 1, 4
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更新日期:2023-01-05
Nature Biotechnology ( IF 33.1 ) Pub Date : 2023-01-05 , DOI: 10.1038/s41587-022-01604-8 Chunlei Jiao 1 , Claas Reckstadt 1 , Fabian König 2 , Christina Homberger 3 , Jiaqi Yu 1 , Jörg Vogel 1, 3, 4 , Alexander J Westermann 1, 3 , Cynthia M Sharma 2 , Chase L Beisel 1, 4
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捕获单个细胞的转录历史是一项挑战,细胞群落的功能异质性加剧了这一挑战。在这里,我们利用重编程的 tracrRNA (Rptrs) 将选定的细胞转录物记录为单个活细菌细胞中存储的 DNA 编辑。Rptr 被设计为与检测到的转录本进行碱基配对,将它们转换为引导 RNA。然后引导 RNA 指导 Cas9 碱基编辑器瞄准引入的 DNA 靶标。将来可以通过测序读取碱基编辑的程度。我们使用这种称为 TIGER(通过基因编码记录推断的转录 RNA)的方法来记录单个细菌细胞中的异源和内源转录本。TIGER可以量化相对表达、区分单核苷酸差异、同时记录多个转录本并读出单细胞现象。我们进一步应用TIGER来记录大肠杆菌中的代谢赌注对冲和抗生素抗性动员以及沙门氏菌对宿主细胞的入侵。通过 RNA 记录,TIGER 将当前的细胞状态与过去的转录状态联系起来,以破译单个细胞中复杂的细胞反应。
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