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光循环过程中细菌视紫红质吸收波长偏移的机制
The Journal of Physical Chemistry B ( IF 2.8 ) Pub Date : 2022-11-22 , DOI: 10.1021/acs.jpcb.2c04359 Tomoyasu Noji 1 , Hiroshi Ishikita 1, 2
The Journal of Physical Chemistry B ( IF 2.8 ) Pub Date : 2022-11-22 , DOI: 10.1021/acs.jpcb.2c04359 Tomoyasu Noji 1 , Hiroshi Ishikita 1, 2
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细菌视紫红质是一种光驱动质子泵，在光循环期间改变 410–617 nm 范围内的吸收波长。在这里，我们报告了使用 12 种细菌视紫红质晶体结构（包括 BR、BR 13 - cis、J、K 0、K E、K L、L、M、N 和 O 态结构）和组合的量子力学/分子力学/可极化连续介质模型 (QM/MM/PCM) 方法。QM/MM/PCM 计算再现了实验测量的吸收波长，标准偏差为 4 nm。吸收波长的变化主要可以通过以下四个因素来解释：（i）蛋白质环境引起的视网膜席夫碱变形/扭曲，导致蛋白质环境与视网膜席夫碱之间的静电相互作用减少；(ii) 改变蛋白质环境的质子化状态，直接改变蛋白质环境与视网膜席夫碱之间的静电相互作用；(iii) 质子化状态的变化；或 (iv) 视网膜席夫碱的异构化，
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更新日期：2022-11-22
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