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链霉菌属的比较和泛基因组分析
Scientific Reports ( IF 3.8 ) Pub Date : 2022-11-07 , DOI: 10.1038/s41598-022-21731-1 Hiroshi Otani 1, 2 , Daniel W Udwary 1, 2 , Nigel J Mouncey 1, 2
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更新日期:2022-11-10
Scientific Reports ( IF 3.8 ) Pub Date : 2022-11-07 , DOI: 10.1038/s41598-022-21731-1 Hiroshi Otani 1, 2 , Daniel W Udwary 1, 2 , Nigel J Mouncey 1, 2
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链霉菌是具有高度代谢天赋的细菌,能够生产具有深远经济和社会重要性的生物产品。这些生物产品通过代谢途径产生,包括次级代谢物的生物合成和植物生物质成分的分解代谢。基因组测序技术的进步揭示了链霉菌基因组中大量未开发的代谢潜力。在这里,我们报告了使用 205 个完整基因组生成的最大链霉菌泛基因组。分析了泛基因组和个体基因组的代谢潜力,揭示了可能适用于代谢工程的个体代谢途径和菌株的保守程度。其中,冰城根链霉菌被确定为植物生物量的有效降解剂。聚酮化合物、非核糖体肽和γ-丁内酯生物合成酶主要是菌株特异性的,而四氢嘧啶和一些萜烯生物合成途径是高度保守的。大量与次级代谢相关的转录因子是菌株特异性的,而那些控制基本生物过程的转录因子是高度保守的。尽管参与形态发育的大多数基因都高度保守,但仍有一些菌株特异性变体可能有助于微调细胞分化的时间。总的来说,这些结果提供了对链霉菌的代谢潜力、调节和生理学的见解,这将促进对这些重要细菌的进一步利用。
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