基于等压标记的蛋白质组学广泛应用于深度蛋白质组量化。在同位素标记的蛋白质组数据分析平台中，商业软件Proteome Discoverer（PD）被广泛使用，集成了搜索引擎CHIMERYS，而FragPipe（FP）相对较新，非商业用途免费，集成了引擎MSFragger。在这里，我们比较了使用 6plex、10plex 和 16plex 串联质量标签标记的三个公共蛋白质组数据集的 PD 和 FP。我们的结果表明，这两种软件生成的蛋白质丰度高度相关。在三个数据集中，PD 比具有可比的 NA 比率（0.00% 对 0.00%、0.85% 对 0.38% 和 11.74% 对 10.52%）的 FP 量化了更多的蛋白质（10.02%、15.44%、8.19%）。使用 16plex 数据集，PD 和 FP 输出在量化技术复制方面表现出高度一致性，差异表达蛋白的批次效应和功能富集。然而，与 PD 相比，FP 在分析三个数据集时分别节省了 93.93%、96.65% 和 96.41% 的处理时间。总之，虽然 PD 是一个维护良好的商业软件，集成了各种附加功能，可以量化更多的蛋白质，但 FP 是免费提供的，并且以更短的计算时间实现类似的输出。我们的结果将指导用户选择最适合他们需求的量化软件。PD 是一个维护良好的商业软件，集成了各种附加功能，可以量化更多的蛋白质，而 FP 是免费提供的，可以用更短的计算时间实现类似的输出。我们的结果将指导用户选择最适合他们需求的量化软件。PD 是一个维护良好的商业软件，集成了各种附加功能，可以量化更多的蛋白质，而 FP 是免费提供的，可以用更短的计算时间实现类似的输出。我们的结果将指导用户选择最适合他们需求的量化软件。



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