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环境 DNA 检测到临时迁徙鱼的产卵栖息地(溯河彩虹鱼:Osmerus mordax)
BMC Ecology and Evolution ( IF 2.3 ) Pub Date : 2022-10-24 , DOI: 10.1186/s12862-022-02073-y
Vaughn Holmes , Jacob Aman , Geneva York , Michael T. Kinnison

近几十年来,溯河鱼 (Osmerus mordax) 经历了大范围的减少,缅因州的残余产卵种群状况鲜为人知,因为这些鱼具有重要的生态、文化和商业相关性。确定溯河鱼的残余范围比对许多衰退鱼类物种的定义更为困难,因为在春季径流期间,当传统评估可能不可靠甚至危险时,成鱼仅在夜间在小型沿海溪流中产卵时短暂存在。我们假设 eDNA 可能有助于改进调查工作,以定义 smelt 产卵栖息地,但检测也可能面临成人 eDNA 迅速从这些小溪流系统中冲出的挑战。我们将白天 eDNA 采样与夜间 fyke 网结合起来,以确定 eDNA 检测的潜在窗口,然后在四个不同丰度的流中进行 eDNA 调查。依次采用分层占用模型来估计与采样事件(日期)的数量、事件中的样本和样本中的 qPCR 复制相关的 eDNA 遭遇概率。eDNA 和 fyke net 联合研究的结果表明 eDNA 在较长时间内可检测到,在产卵高峰后大约 8-13 天达到高潮,这表明发育中的有鱼幼虫可能是 eDNA 的主要来源。随后,在四个流的 eDNA 调查中很容易检测到 smelt eDNA,特别是在修复 PCR 抑制剂之后。分层占用模型证实我们的调查对大多数站点都有很高的经验检测,并且未来的调查采用至少三个采样事件、每个事件三个样本和六个 qPCR 重复可以在低丰度系统中提供超过 90% 的组合检测能力。这些结果表明,相对适度的 eDNA 采样工作具有很高的能力,可以在低到中等丰度下检测到这种短暂存在的关注物种。因此,与现有的视觉和网络方法相比,smelt eDNA 检测可以通过在低密度系统中提供更长的调查窗口、更安全的采样条件和更低的现场工作量来改进范围映射。这些结果表明,相对适度的 eDNA 采样工作具有很高的能力,可以在低到中等丰度下检测到这种短暂存在的关注物种。因此,与现有的视觉和网络方法相比,smelt eDNA 检测可以通过在低密度系统中提供更长的调查窗口、更安全的采样条件和更低的现场工作量来改进范围映射。这些结果表明,相对适度的 eDNA 采样工作具有很高的能力,可以在低到中等丰度下检测到这种短暂存在的关注物种。因此,与现有的视觉和网络方法相比,smelt eDNA 检测可以通过在低密度系统中提供更长的调查窗口、更安全的采样条件和更低的现场工作量来改进范围映射。



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更新日期:2022-10-25
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