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支化聚乙烯亚胺：CHARMM 力场和分子动力学模拟
Journal of Computational Chemistry ( IF 3.4 ) Pub Date : 2022-09-28 , DOI: 10.1002/jcc.27005 Andrada-Elena Terteci-Popescu 1 , Titus Adrian Beu 1
Journal of Computational Chemistry ( IF 3.4 ) Pub Date : 2022-09-28 , DOI: 10.1002/jcc.27005 Andrada-Elena Terteci-Popescu 1 , Titus Adrian Beu 1
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聚乙烯亚胺 (PEI) 是一种对基因传递非常感兴趣的非病毒载体，在全原子水平上进行了研究，特别强调其分支形式。我们报告了我们之前发布的用于线性 PEI 的 CHARMM 力场 (FF) 的扩展，其中的参数专门针对分支配置进行了优化。引入了分支连接器的新残基类型，电荷和键合参数来自基于模型聚合物的从头计算。新的 FF 通过对各种质子化分数和支链长度的溶剂化支链 PEI 的广泛分子动力学模拟进行验证。将回转半径、端到端距离和扩散系数与具有相似分子量和质子化模式的线性 PEI 的结果进行比较。还研究了 DNA 与（线性/分支）PEI 的溶剂化复合物以确定有利的附着构象。参数化原子力场适用于模拟具有任意分支模式、质子化和大小的 PEI，有望为 DNA-PEI 复合物形成的最佳条件提供相关见解。
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更新日期：2022-09-28
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