Bovine pestiviruses are members of the species Pestivirus A (bovine viral diarrhea virus 1, BVDV-1), Pestivirus B (BVDV-2) or Pestivirus H (HoBiPeV). To date, BVDV-2 isolates/strains have been classified into three subtypes (a-c) by phylogenetic analysis, and an additional subtype (d) has been proposed based on 5' untranslated region (UTR) secondary structures. In a previous study, we identified some BVDV-2 sequences in the GenBank database that could not be classified as subtype a, b or c by phylogenetic analysis of their genomes, UTRs or individual genes. Here, we performed a detailed study of these sequences and assessed whether they might represent a distinct BVDV-2 subtype. Initially, we collected 85 BVDV-2 complete/near-complete genomes (CNCGs) from GenBank and performed a “proof of equivalence” between phylogenetic analyses based on CNCGs and open reading frames (ORFs), which showed that ORFs may be reliably used as a reference target for BVDV-2 phylogeny, allowing us to increase our dataset to 139 sequences. Among these, we found seven sequences that could not be classified as BVDV-2a-c. The same was observed in the phylogenetic analysis of CNCGs and viral genes. In addition, the seven non-BVDV-2a-c sequences formed a distinct cluster in all phylogenetic trees, which we propose to term BVDV-2e. BVDV-2e also showed 44 amino acid changes compared to BVDV-2a-c, 20 of which are in well-defined positions. Importantly, an additional phylogenetic analysis including BVDV-2d and a pairwise comparison of BVDV-2e and BVDV-2d sequences also supported the difference between these subtypes. Finally, we propose the recognition of BVDV-2e as a distinct BVDV-2 subtype and encourage its inclusion in future phylogenetic analyses to understand its distribution and evolution.

牛瘟病毒是瘟病毒 A（牛病毒性腹泻病毒 1，BVDV-1）、瘟病毒 B (BVDV-2) 或瘟病毒 H的成员(HoBiPeV)。迄今为止，BVDV-2 分离株/菌株已通过系统发育分析分为三个亚型 (ac)，并根据 5' 非翻译区 (UTR) 二级结构提出了一个额外的亚型 (d)。在之前的一项研究中，我们在 GenBank 数据库中发现了一些 BVDV-2 序列，通过对其基因组、UTR 或单个基因的系统发育分析，这些序列无法归类为 a、b 或 c 亚型。在这里，我们对这些序列进行了详细研究，并评估了它们是否可能代表不同的 BVDV-2 亚型。最初，我们从 GenBank 收集了 85 个 BVDV-2 完整/接近完整的基因组（CNCGs），并在基于 CNCGs 和开放阅读框（ORFs）的系统发育分析之间进行了“等价性证明”，这表明 ORFs 可以可靠地用作BVDV-2系统发育的参考目标，允许我们将数据集增加到 139 个序列。其中，我们发现了 7 个不能归类为 BVDV-2a-c 的序列。在 CNCG 和病毒基因的系统发育分析中也观察到了同样的情况。此外，七个非 BVDV-2a-c 序列在所有系统发育树中形成了一个独特的簇，我们建议将其命名为 BVDV-2e。与 BVDV-2a-c 相比，BVDV-2e 还显示出 44 个氨基酸变化，其中 20 个位于明确定义的位置。重要的是，包括 BVDV-2d 在内的额外系统发育分析以及 BVDV-2e 和 BVDV-2d 序列的成对比较也支持这些亚型之间的差异。最后，我们建议将 BVDV-2e 识别为一种独特的 BVDV-2 亚型，并鼓励将其纳入未来的系统发育分析以了解其分布和进化。其中，我们发现了 7 个不能归类为 BVDV-2a-c 的序列。在 CNCG 和病毒基因的系统发育分析中也观察到了同样的情况。此外，七个非 BVDV-2a-c 序列在所有系统发育树中形成了一个独特的簇，我们建议将其命名为 BVDV-2e。与 BVDV-2a-c 相比，BVDV-2e 还显示出 44 个氨基酸变化，其中 20 个位于明确定义的位置。重要的是，包括 BVDV-2d 在内的额外系统发育分析以及 BVDV-2e 和 BVDV-2d 序列的成对比较也支持这些亚型之间的差异。最后，我们建议将 BVDV-2e 识别为一种独特的 BVDV-2 亚型，并鼓励将其纳入未来的系统发育分析以了解其分布和进化。其中，我们发现了 7 个不能归类为 BVDV-2a-c 的序列。在 CNCG 和病毒基因的系统发育分析中也观察到了同样的情况。此外，七个非 BVDV-2a-c 序列在所有系统发育树中形成了一个独特的簇，我们建议将其命名为 BVDV-2e。与 BVDV-2a-c 相比，BVDV-2e 还显示出 44 个氨基酸变化，其中 20 个位于明确定义的位置。重要的是，包括 BVDV-2d 在内的额外系统发育分析以及 BVDV-2e 和 BVDV-2d 序列的成对比较也支持这些亚型之间的差异。最后，我们建议将 BVDV-2e 识别为一种独特的 BVDV-2 亚型，并鼓励将其纳入未来的系统发育分析以了解其分布和进化。在 CNCG 和病毒基因的系统发育分析中也观察到了同样的情况。此外，七个非 BVDV-2a-c 序列在所有系统发育树中形成了一个独特的簇，我们建议将其命名为 BVDV-2e。与 BVDV-2a-c 相比，BVDV-2e 还显示出 44 个氨基酸变化，其中 20 个位于明确定义的位置。重要的是，包括 BVDV-2d 在内的额外系统发育分析以及 BVDV-2e 和 BVDV-2d 序列的成对比较也支持这些亚型之间的差异。最后，我们建议将 BVDV-2e 识别为一种独特的 BVDV-2 亚型，并鼓励将其纳入未来的系统发育分析以了解其分布和进化。在 CNCG 和病毒基因的系统发育分析中也观察到了同样的情况。此外，七个非 BVDV-2a-c 序列在所有系统发育树中形成了一个独特的簇，我们建议将其命名为 BVDV-2e。与 BVDV-2a-c 相比，BVDV-2e 还显示出 44 个氨基酸变化，其中 20 个位于明确定义的位置。重要的是，包括 BVDV-2d 在内的额外系统发育分析以及 BVDV-2e 和 BVDV-2d 序列的成对比较也支持这些亚型之间的差异。最后，我们建议将 BVDV-2e 识别为一种独特的 BVDV-2 亚型，并鼓励将其纳入未来的系统发育分析以了解其分布和进化。我们建议将其命名为 BVDV-2e。与 BVDV-2a-c 相比，BVDV-2e 还显示出 44 个氨基酸变化，其中 20 个位于明确定义的位置。重要的是，包括 BVDV-2d 在内的额外系统发育分析以及 BVDV-2e 和 BVDV-2d 序列的成对比较也支持这些亚型之间的差异。最后，我们建议将 BVDV-2e 识别为一种独特的 BVDV-2 亚型，并鼓励将其纳入未来的系统发育分析以了解其分布和进化。我们建议将其命名为 BVDV-2e。与 BVDV-2a-c 相比，BVDV-2e 还显示出 44 个氨基酸变化，其中 20 个位于明确定义的位置。重要的是，包括 BVDV-2d 在内的额外系统发育分析以及 BVDV-2e 和 BVDV-2d 序列的成对比较也支持这些亚型之间的差异。最后，我们建议将 BVDV-2e 识别为一种独特的 BVDV-2 亚型，并鼓励将其纳入未来的系统发育分析以了解其分布和进化。