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多途径 DNA 修复记者揭示了 Cas9 诱导的 DNA 双链断裂时末端连接、单链退火和同源重组之间的竞争

Nature Communications ( IF 14.7 ) Pub Date : 2022-09-08 , DOI: 10.1038/s41467-022-32743-w
Bert van de Kooij 1, 2 , Alex Kruswick 2 , Haico van Attikum 1 , Michael B Yaffe 2, 3, 4
Affiliation  


DNA 双链断裂 (DSB) 通过多种不同的途径进行修复,其结果包括无差错修复、诱变和基因组丢失。尽管 DSB 修复途径串扰和补偿对于基因组稳定性、肿瘤发生和使用 CRISPR/Cas9 进行基因组编辑非常重要,但其作用尚不完全清楚。为了解决这个问题,我们构建并验证了三个基于 Cas9 的荧光报告基因,名为 DSB-Spectrum,它可以同时量化 DSB 中多个 DNA 修复途径的贡献。 DSB-Spectrum 报告基因区分通过无错规范非同源末端连接 (c-NHEJ) 进行的 DSB 修复与同源重组(HR;报告基因 1)、诱变修复与 HR(报告基因 2)以及诱变末端连接与单链退火 (SSA) 与 HR(报告者 3)。使用这些报告基因,我们发现抑制 c-NHEJ 因子 DNA-PKcs 会增加 HR 的修复,但也会显着增加诱变 SSA。我们的数据表明,SSA 介导的 DSB 修复也发生在由 Alu 元件或同源基因区域驱动的内源基因组位点。最后,我们证明,当两种途径竞争相同的底物时,长程末端切除因子 DNA2 和 Exo1 会促进 SSA 并降低 HR。这些新的基于 Cas9 的 DSB-Spectrum 报告基因有助于对修复途径串扰和 DSB 修复结果进行综合分析。





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更新日期:2022-09-09
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