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通过细胞色素 c 捕获对磺酸杯 [4] 芳烃的识别动力学：走向定量自由能评估
Journal of Chemical Information and Modeling ( IF 5.6 ) Pub Date : 2022-09-02 , DOI: 10.1021/acs.jcim.2c00483
Alessio Bartocci 1, 2 , Gilberto Pereira 2, 3 , Marco Cecchini 2 , Elise Dumont 1, 4
Journal of Chemical Information and Modeling ( IF 5.6 ) Pub Date : 2022-09-02 , DOI: 10.1021/acs.jcim.2c00483
Alessio Bartocci 1, 2 , Gilberto Pereira 2, 3 , Marco Cecchini 2 , Elise Dumont 1, 4
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Calix[ n ]arenes 对蛋白质表面的选择性识别涵盖了广泛的及时应用，从控制蛋白质组装和结晶到捕获部分无序的蛋白质。在这里，para的交互-磺化杯-[4]-芳烃与细胞色素 c 通过全原子、显式水分子动力学模拟进行研究，该模拟允许在与实验证据定量一致的情况下表征两个结合位点。基于 MM-PBSA 和附着-拉-释放 (APR) 方法的自由能计算突出了识别过程中涉及的关键残基，并提供与等温滴定量热法定量一致的结合自由能结果。我们的研究强调了 MD 模拟在捕获和描述磺化杯-[4]-芳烃在细胞色素 c 表面上的“行走”中的作用，其中精氨酸 R13 作为关键的相互作用残基。我们的 MD 调查允许通过准谐波多盆地 (QHMB) 方法，
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更新日期：2022-09-02
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