MYB and basic helix–loop–helix (bHLH) transcription factors form complexes to regulate diverse metabolic and developmental processes in plants. However, the molecular mechanisms responsible for MYB–bHLH interaction and partner selection remain unclear. Here, we report the crystal structures of three MYB–bHLH complexes (WER–EGL3, CPC–EGL3 and MYB29–MYC3), uncovering two MYB–bHLH interaction modes. WER and CPC are R2R3- and R3-type MYBs, respectively, but interact with EGL3 through their N-terminal R3 domain in a similar mode. A single amino acid of CPC, Met49, is crucial for competition with WER to interact with EGL3. MYB29, a R2R3-type MYB transcription factor, interacts with MYC3 by its C-terminal MYC-interaction motif. The WER–EGL3 and MYB29–MYC3 binding modes are widely applied among MYB–bHLH complexes in Arabidopsis and evolve independently in plants.

MYB 和基本螺旋-环-螺旋 (bHLH) 转录因子形成复合物，以调节植物的多种代谢和发育过程。然而，负责 MYB-bHLH 相互作用和伴侣选择的分子机制仍不清楚。在这里，我们报告了三种 MYB-bHLH 复合物（WER-EGL3、CPC-EGL3 和 MYB29-MYC3）的晶体结构，揭示了两种 MYB-bHLH 相互作用模式。WER 和 CPC 分别是 R2R3 和 R3 型 MYB，但以类似的模式通过其 N 端 R3 结构域与 EGL3 相互作用。CPC 的单个氨基酸 Met49 对于与 WER 竞争与 EGL3 相互作用至关重要。MYB29 是一种 R2R3 型 MYB 转录因子，通过其 C 末端 MYC 相互作用基序与 MYC3 相互作用。WER-EGL3 和 MYB29-MYC3 结合模式广泛应用于拟南芥中的 MYB-bHLH 复合物并在植物中独立进化。