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具有光激活依赖性邻近标记的时空分辨蛋白质网络分析
Nature Communications ( IF 14.7 ) Pub Date : 2022-08-20 , DOI: 10.1038/s41467-022-32689-z
Yansheng Zhai 1 , Xiaoyan Huang 1 , Keren Zhang 1 , Yuchen Huang 1 , Yanlong Jiang 2 , Jingwei Cui 1 , Zhe Zhang 1, 3 , Cookson K C Chiu 4 , Weiye Zhong 1 , Gang Li 1
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更新日期:2022-08-20
Nature Communications ( IF 14.7 ) Pub Date : 2022-08-20 , DOI: 10.1038/s41467-022-32689-z
Yansheng Zhai 1 , Xiaoyan Huang 1 , Keren Zhang 1 , Yuchen Huang 1 , Yanlong Jiang 2 , Jingwei Cui 1 , Zhe Zhang 1, 3 , Cookson K C Chiu 4 , Weiye Zhong 1 , Gang Li 1
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基于活化酯或苯氧基自由基的基于酶的邻近标记方法已广泛用于绘制活细胞中的亚细胞蛋白质组和蛋白质相互作用物。然而,活化酯的反应性较差,导致标记半径较宽,过氧化物处理产生的苯氧基自由基可能会干扰氧化还原敏感途径。在这里,我们报告了一种光激活依赖性邻近标记 (PDPL) 方法,该方法通过将光敏剂蛋白 miniSOG 遗传连接到感兴趣的蛋白质而设计。由蓝光触发并由辐照时间调整,产生单线态氧,然后实现时空分辨的苯胺探针标记组氨酸残基。我们通过细胞器特异性蛋白质组的映射证明了它的高保真度。PDPL 与 TurboID 的并排比较揭示了 PDPL 更具体、更深入的蛋白质组学覆盖。我们进一步将 PDPL 应用于与疾病相关的转录共激活因子 BRD4 和 E3 连接酶 Parkin,并发现以前未知的相互作用因子。通过过表达筛选,为 Parkin 鉴定了两种未报道的底物 Ssu72 和 SNW1,其降解过程由泛素化-蛋白酶体途径介导。

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