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单细胞多组学分析揭示透明细胞肾细胞癌的调控程序
Cell Discovery ( IF 13.0 ) Pub Date : 2022-07-19 , DOI: 10.1038/s41421-022-00415-0
Zhilin Long 1, 2, 3, 4 , Chengfang Sun 5 , Min Tang 6 , Yin Wang 2, 3, 4 , Jiayan Ma 2, 3, 4 , Jichuan Yu 2, 3, 4 , Jingchao Wei 5 , Jianzhu Ma 7 , Bohan Wang 5 , Qi Xie 2, 3, 4 , Jiaming Wen 5
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更新日期:2022-07-19
Cell Discovery ( IF 13.0 ) Pub Date : 2022-07-19 , DOI: 10.1038/s41421-022-00415-0
Zhilin Long 1, 2, 3, 4 , Chengfang Sun 5 , Min Tang 6 , Yin Wang 2, 3, 4 , Jiayan Ma 2, 3, 4 , Jichuan Yu 2, 3, 4 , Jingchao Wei 5 , Jianzhu Ma 7 , Bohan Wang 5 , Qi Xie 2, 3, 4 , Jiaming Wen 5
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透明细胞肾细胞癌 (ccRCC) 微环境由许多不同的细胞类型和结构成分组成,它们在癌症进展和耐药性中起关键作用,但 ccRCC 的细胞结构和潜在的基因调控特征尚未完全表征。在这里,我们应用单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 和单细胞测定转座酶可及染色质测序 (scATAC-seq) 来生成 ccRCC 的转录和表观基因组图谱。我们确定了由四种关键转录因子 (TF)( HOXC5、VENTX、ISL1和OTP)介导的肿瘤细胞特异性调节程序),并且这些 TF 在癌症基因组图谱 (TCGA) 数据库中具有预后意义。通过短发夹 RNA (shRNA) 或小分子抑制剂靶向这些 TF 可减少肿瘤细胞增殖。接下来,我们对 CD8 + T 细胞和巨噬细胞的染色质可及性和基因表达进行了综合分析,以揭示其亚群中的不同调控元件。此外,我们描述了由肿瘤微环境内的配体-受体相互作用介导的细胞间通讯。总之,我们的多组学方法进一步阐明了 ccRCC 的细胞异质性并确定了潜在的治疗靶点。
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