Novel SARS-CoV-2 claimed a large number of human lives. The main proteins for viral entry into host cells are SARS-CoV-2 spike glycoprotein (PDB ID: 6VYB) and spike receptor-binding domain bound with ACE2 (spike RBD-ACE2; PDB ID: 6M0J). Currently, specific therapies are lacking globally. This study was designed to investigate the bioactive components from Moringa oleifera leaf (MOL) extract by gas chromatography-mass spectroscopy (GC–MS) and their binding interactions with spike glycoprotein and spike RBD-ACE2 protein through computational analysis. GC–MS-based analysis unveiled the presence of thirty-seven bioactive components in MOL extract, viz. polyphenols, fatty acids, terpenes/triterpenes, phytosterols/steroids, and aliphatic hydrocarbons. These bioactive phytoconstituents showed potential binding with SARS-CoV-2 spike glycoprotein and spike RBD-ACE2 protein through the AutoDock 4.2 tool. Further by using AutoDock 4.2 and AutoDock Vina, the top sixteen hits (binding energy ≥ − 6.0 kcal/mol) were selected, and these might be considered as active biomolecules. Moreover, molecular dynamics simulation was determined by the Desmond module. Interestingly two biomolecules, namely β-tocopherol with spike glycoprotein and β-sitosterol with spike RBD-ACE2, displayed the best interacting complexes and low deviations during 100-ns simulation, implying their strong stability and compactness. Remarkably, both β-tocopherol and β-sitosterol also showed the drug- likeness with no predicted toxicity. In conclusion, these findings suggested that both compounds β-tocopherol and β-sitosterol may be developed as anti-SARS-CoV-2 drugs. The current findings of in silico approach need to be optimized using in vitro and clinical studies to prove the effectiveness of phytomolecules against SARS-CoV-2.

新型 SARS-CoV-2 夺去了很多人的生命。病毒进入宿主细胞的主要蛋白质是 SARS-CoV-2 刺突糖蛋白（PDB ID：6VYB）和与 ACE2 结合的刺突受体结合域（刺突 RBD-ACE2；PDB ID：6M0J）。目前，全球缺乏特异性疗法。本研究旨在研究辣木中的生物活性成分通过气相色谱-质谱 (GC–MS) 分析叶 (MOL) 提取物，并通过计算分析分析它们与刺突糖蛋白和刺突 RBD-ACE2 蛋白的结合相互作用。基于 GC-MS 的分析揭示了 MOL 提取物中存在 37 种生物活性成分，即。多酚、脂肪酸、萜烯/三萜烯、植物甾醇/类固醇和脂肪烃。通过 AutoDock 4.2 工具，这些生物活性植物成分显示出与 SARS-CoV-2 刺突糖蛋白和刺突 RBD-ACE2 蛋白的潜在结合。进一步通过使用 AutoDock 4.2 和 AutoDock Vina，选择了前 16 个命中（结合能 ≥ − 6.0 kcal/mol），这些可能被认为是活性生物分子。此外，分子动力学模拟由 Desmond 模块确定。有趣的是，两个生物分子，即具有刺突糖蛋白的 β-生育酚和具有刺突 RBD-ACE2 的 β-谷甾醇在 100 ns 模拟期间显示出最佳相互作用复合物和低偏差，这意味着它们具有很强的稳定性和紧凑性。值得注意的是，β-生育酚和 β-谷甾醇也显示出药物相似性，没有预期的毒性。总之，这些发现表明，β-生育酚和 β-谷甾醇这两种化​​合物都可以开发为抗 SARS-CoV-2 药物。需要使用体外和临床研究来优化计算机方法的当前发现，以证明植物分子对 SARS-CoV-2 的有效性。β-生育酚和 β-谷甾醇也显示出药性，没有预期的毒性。总之，这些发现表明，β-生育酚和 β-谷甾醇这两种化​​合物都可以开发为抗 SARS-CoV-2 药物。需要使用体外和临床研究来优化计算机方法的当前发现，以证明植物分子对 SARS-CoV-2 的有效性。β-生育酚和 β-谷甾醇也显示出药性，没有预期的毒性。总之，这些发现表明，β-生育酚和 β-谷甾醇这两种化​​合物都可以开发为抗 SARS-CoV-2 药物。需要使用体外和临床研究来优化计算机方法的当前发现，以证明植物分子对 SARS-CoV-2 的有效性。