新一代测序 (NGS) 技术能够发现和表征不可培养的微生物并预测其功能，从而增进了我们对人类微生物组的理解。主要 NGS 方法包括 16S rRNA 基因测序、鸟枪法宏基因组测序和 RNA 测序。临床医生和研究人员通常不清楚针对特定目的选择哪种 NGS 方法。在这篇综述中，我们描述了 NGS 的基础知识，重点关注 16S rRNA 和鸟枪法宏基因组测序。我们还讨论了每种方法的优缺点以及数据变异性、研究设计和临床元数据收集方面的重要概念。我们进一步举例说明人类微生物组的 NGS 研究如何增进我们对不同临床背景下人类疾病病理生理学的理解，包括诊断和治疗的发展。最后，我们分享了关于 NGS 如何在未来几年进一步融入并推进微生物组研究和临床护理的见解。



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