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与肝细胞癌微环境中肿瘤浸润性非调节性 CD4 和 CD8 阳性 T 细胞相关的关键基因
Biochemical Genetics ( IF 2.1 ) Pub Date : 2022-01-29 , DOI: 10.1007/s10528-021-10175-3
Zijun Zhao 1 , Chaonan Wang 2 , Peishan Chu 3 , Xin Lu 1
Affiliation  

肝细胞癌(HCC)中的免疫微环境,尤其是T细胞浸润,在HCC的预后和药物敏感性中起着关键作用。我们的研究旨在分析与 HCC中非调节性 CD4 +和 CD8 + T 细胞相关的基因。HCC 样本的数据是从癌症基因组图谱 (TCGA) 数据库下载的。根据使用表达数据 (ESTIMATE) 算法估计恶性肿瘤组织中的基质和免疫细胞检索到的基质和免疫评分,收集了高和低基质/免疫评分组之间的差异表达基因 (DEG)。使用Cibersort算法计算免疫细胞丰度和CD4 +、CD8 +相关基因选择 T 细胞。说明了蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络和微小 RNA (miRNA)-靶基因相互作用网络,其中选择了 CD4 +和 CD8 + T 细胞相关核心基因。最后,进行 Cox 回归检验和 Kaplan-Meier (K-M) 生存分析。总共鉴定出1579个DEG,其中分别选择了103个与CD4 +和CD8 + T细胞相关的基因和407个基因。与CD4 + T细胞和CD8 +相关的30个核心基因中的每一个T 细胞由 PPI 网络选择。分别与两种类型的T细胞相关的四个基因对HCC患者的预后有显着影响。其中,KLRB1和IL18RAP是最后两个与两种T细胞相关的基因,与HCC患者的总体生存相关。





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更新日期:2022-01-29
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