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酶动力学中kcat/KM含义的视觉解读
bioRxiv - Biochemistry Pub Date : 2021-12-10 , DOI: 10.1101/2021.12.09.471995
Chiwook Park
bioRxiv - Biochemistry Pub Date : 2021-12-10 , DOI: 10.1101/2021.12.09.471995
Chiwook Park
k cat和k cat / K M是酶动力学中的两个基本动力学参数。k cat是一级速率常数,它决定了酶在底物饱和浓度下完全占据时的反应速率。k cat / K M是二阶速率常数,它决定了酶在底物浓度非常低的情况下大部分游离时的反应速率。这两个参数都提供了关于酶如何降低催化反应途径中能量势垒的关键信息。然而,令人惊讶的是k cat / K中号作为复合参数导出通过将运用不当ķ猫与ķ中号至两个催化能力和亲和力评估对酶的底物。解释k cat / K M真正含义的主要挑战是难以以简单的方式证明酶催化的反应能量学如何确定k cat / K M。在这里,我报告了如何在反应能图上可视化k cat / K M的含义的分步演示。通过使用k表达式的倒数形式cat / K M与动力学模型中的基本速率常数,我表明k cat / K M是几个动力学项的调和和,对应于相对于游离酶的过渡态的高度。然后,我证明了最高过渡状态的高度对k cat / K M有主要影响,即具有最高过渡状态的步骤是k cat / K M的限制步骤。k cat / K M含义的可视化反应能图上的 提供了一种直观的方式来理解k cat / K M 的所有已知特性,包括霍尔丹关系。
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更新日期:2021-12-14

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