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局部电场可以描述催化活性吗？分支酸变位酶的案例研究
Physical Chemistry Chemical Physics ( IF 2.9 ) Pub Date : 2021-10-22 , DOI: 10.1039/d1cp03978d
Shakir Ali Siddiqui 1 , Kshatresh Dutta Dubey 1, 2
Physical Chemistry Chemical Physics ( IF 2.9 ) Pub Date : 2021-10-22 , DOI: 10.1039/d1cp03978d
Shakir Ali Siddiqui 1 , Kshatresh Dutta Dubey 1, 2
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目前对酶活性的理论认识高度依赖于反应活化能的确定，这通常使用计算要求高的量子力学计算来计算。随着越来越多的生物工程技术使用产生过多相同酶的变体，目前迫切需要一种快速准确的方法来研究酶的相对效率。在这里，我们使用天然形式的分支酸变位酶和几种变体（R90A、R90G 和 R90K/C88S）为例，提出沿反应轴的酶的局部电场 (LEF) 作为酶活性的描述符。该研究显示了计算的酶 EF 与所有复合物的酶活性之间的直接相关性。Michaelis 复合物和过渡态类似物 (TSA) 的 MD 模拟显示由于酶促 EF 对 TSA 的稳定力。在存在沿反应轴取向的外部电场 (EEF) 的情况下，QM/MM 和仅 QM 的 DFT 计算表明，电场可以与 TS 的偶极矩相互作用，从而使其稳定，从而降低活化能。
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更新日期：2021-11-10
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