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酪氨酰蛋白磺基转移酶1的催化反应机理
Physical Chemistry Chemical Physics ( IF 2.9 ) Pub Date : 2021-10-14 , DOI: 10.1039/d1cp03718h
Pavel Šmak 1 , Igor Tvaroška 1, 2 , Jaroslav Koča 1, 3
Physical Chemistry Chemical Physics ( IF 2.9 ) Pub Date : 2021-10-14 , DOI: 10.1039/d1cp03718h
Pavel Šmak 1 , Igor Tvaroška 1, 2 , Jaroslav Koča 1, 3
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酪氨酸硫酸化改变了许多涉及不同生理和病理生理条件的蛋白质的生物活性，例如非特异性免疫反应、炎症和缺血反应、白细胞和干细胞的靶向，或癌症转移的形成。酪氨酸硫酸化由酪氨酸蛋白磺基转移酶 (TPST) 催化。在这项研究中，我们使用 QM/MM Car-Parrinello 元动力学模拟和 QM/MM 势能计算来研究同工型 TPST-1 的催化机制。分析和讨论了沿反应坐标的结构变化。此外，这两种方法载持有S Ñ 2类型的催化机制。从 CPMD 元动力学获得的反应势垒为 12.8 kcal mol -1，势能扫描分别导致具有 B3LYP 和 OPBE 功能的反应势垒为 11.6 kcal mol -1和 13.7 kcal mol -1。两种方法（元动力学和势能扫描）的比较可能有助于未来的机理研究。深入了解 TPST-1 的反应机制可能有助于合理设计过渡态 TPST 抑制剂。
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更新日期：2021-10-14
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