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PoplarGene:杨树基因网络和资源,用于挖掘木本植物基因的功能信息。
Scientific Reports ( IF 3.8 ) Pub Date : 2016-08-12 , DOI: 10.1038/srep31356
Qi Liu , Changjun Ding , Yanguang Chu , Jiafei Chen , Weixi Zhang , Bingyu Zhang , Qinjun Huang , Xiaohua Su
Scientific Reports ( IF 3.8 ) Pub Date : 2016-08-12 , DOI: 10.1038/srep31356
Qi Liu , Changjun Ding , Yanguang Chu , Jiafei Chen , Weixi Zhang , Bingyu Zhang , Qinjun Huang , Xiaohua Su
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杨树不仅是生产纸张,木材和其他木质产品的重要资源,而且已经成为研究木本植物的理想模型系统。为了更好地了解杨树各种性状(例如木材发育)的潜在生物过程,非常需要一个全面的功能基因相互作用网络。在这里,我们为杨树构建了全基因组功能基因网络(覆盖了约41,335个杨树基因的70%),并创建了网络Web服务PoplarGene,提供了全面的功能相互作用和广泛的杨树基因功能注释。PoplarGene结合了两种基于网络的基因优先排序算法,即基于邻域的优先排序和基于上下文的优先排序,可用于以互补的方式执行基因优先排序。此外,PoplarGene中的协同功能信息可以通过正交转移高效地应用于其他木本植物蛋白质组。除杨树基因序列外,网络服务器还接受拟南芥参考基因作为输入,以指导在杨树基因中寻找新的候选功能基因。我们相信,杨树基因(http://bioinformatics.caf.ac.cn/PoplarGene和http://124.127.201.25/PoplarGene)将极大地有利于研究界,促进杨树和其他木本植物的研究。
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更新日期:2016-08-14
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