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ASCL1、NKX2-1 和 PROX1 共同调控小细胞肺癌中的亚型特异性基因
iScience ( IF 4.6 ) Pub Date : 2021-08-05 , DOI: 10.1016/j.isci.2021.102953
Karine Pozo 1, 2 , Rahul K Kollipara 3 , Demetra P Kelenis 1 , Kathia E Rodarte 1 , Morgan S Ullrich 1 , Xiaoyang Zhang 4 , John D Minna 2, 5, 6, 7 , Jane E Johnson 1, 6, 7
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谱系定义转录因子 (LTF) 在小细胞肺癌 (SCLC) 病理生理学中起关键作用。描绘在 SCLC 中起作用的 LTF 调节基因可以提供识别 SCLC 依赖性的路线图。我们整合了患者来源的 SCLC 临床前模型的染色质景观和转录组分析,以识别 ASCL1-、NEUROD1- 和 POU2F3-高 SCLC 亚型中的超级增强子 (SE) 及其相关基因。我们发现 SE 特征可预测基于 LTF 的 SCLC 分类,并且 SE 相关基因富含那些在 DepMap 中定义为常见必需基因的基因。此外,在 ASCL1-high SCLC 中,我们显示 ASCL1 与 NKX2-1 和 PROX1 复合物共同调节在 NOTCH 信号传导、儿茶酚胺生物合成和细胞周期过程中起作用的基因。ASCL1 的消耗表明它是临床前 SCLC 模型中的关键依赖因素,并直接调节多个 DepMap 定义的必需基因。我们为 SCLC 提供基于 LTF/SE 的亚型特异性基因集,以进行进一步的治疗研究。





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更新日期:2021-08-19
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