微生物群对宿主健康至关重要，抗生素使用造成的干扰可能导致菌群失调和疾病。饮食可以成为微生物组组成和功能的强大调节剂，有可能减轻抗生素使用的负面影响。因此，有必要研究饮食和药物相互作用对肠道微生物组的影响。咖啡是一种常见的饮料，含有许多可能影响微生物组的化合物，包括咖啡因、多酚和纤维。我们给小鼠补充含咖啡因和脱咖啡因的咖啡以及阿莫西林，并使用粪便样本的 16S rRNA 扩增子测序来研究小鼠粪便微生物组多样性和组成的变化。我们发现，无论是否补充咖啡，抗生素都会对小鼠粪便微生物群造成显着破坏，增加变形菌门、疣微菌门和拟杆菌门，但减少厚壁菌门。虽然我们发现单独喝咖啡不会对粪便微生物组的组成产生显着影响，但补充咖啡确实会显着影响接受阿莫西林治疗的小鼠的相对丰度指标。补充含咖啡因的咖啡后，接受阿莫西林治疗的小鼠的变形菌，特别是伯克霍尔德氏菌科的细菌数量增加幅度较小。相应地，我们发现在体外，洋葱伯克霍尔德杆菌对阿莫西林具有高度耐药性，并且其受到咖啡因和含咖啡因咖啡浓度的抑制，其浓度与小鼠盲肠中的咖啡因水平相当。总的来说，这项工作表明咖啡，可能还有咖啡因成分，在抗生素暴露期间会影响微生物组和微生物组成员。



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