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用于 TCR-pMHC 复杂预测的信息驱动对接
Frontiers in Immunology ( IF 5.7 ) Pub Date : 2021-05-07 , DOI: 10.3389/fimmu.2021.686127 Thomas Peacock 1, 2 , Benny Chain 1
Frontiers in Immunology ( IF 5.7 ) Pub Date : 2021-05-07 , DOI: 10.3389/fimmu.2021.686127 Thomas Peacock 1, 2 , Benny Chain 1
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T 细胞受体 (TCR) 识别主要组织相容性复合体 (MHC) 分子呈递的肽是适应性免疫系统中的一个基本过程。在分子水平上理解这种识别过程对于基于 TCR 的疗法和疫苗设计至关重要。TCR 多样性和交叉反应性的广泛性质对传统的结构解析提出了挑战。TCR-pMHC 复合物的计算建模提供了一种有效的替代方法。本研究比较了四种通用对接平台（ClusPro、LightDock、ZDOCK 和 HADDOCK）利用不同级别的结合界面信息进行准确 TCR-pMHC 建模的能力。每个平台都在 44 个 TCR-pMHC 对接案例的扩展基准集上进行了测试。总的来说，HADDOCK 表现最好。提供对接策略指导，获取每个平台的最佳模型，供未来研究使用。本研究中使用的 TCR-pMHC 对接案例可从 https://github.com/innate2adaptive/ExpandedBenchmark 下载。
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更新日期：2021-05-07
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