自噬是一种主要的真核生物分解代谢途径，负责清除和回收大量货物，这些货物被包装在称为自噬小体的囊泡中，并被运送至溶酶体进行降解。除了不断地降解细胞物质的基础自噬外，该途径还对多种应激条件具有高度的响应能力。然而，到目前为止，在改变的自噬条件下自噬体的确切蛋白质含量和磷脂组成仍然难以捉摸。在这里，我们介绍了一种基于FACS的方法来分离天然未操纵的自噬体，并确保了制剂的质量。利用定量蛋白质组学和磷脂组学，我们获得了在基础自噬条件，营养剥夺和蛋白酶体抑制作用下纯化的自噬体的深层货物和脂质谱。的确，饥饿只会轻度地影响其含量，而对蛋白酶体活性的干扰则显示出更强的作用，并特别改变了自噬体的货物。有趣的是，自噬体的磷脂组成不受不同处理的影响。因此，该新颖的分离方法能够大量纯化完整的自噬体，并允许蛋白质含量和磷脂谱分析，而无需详尽的细胞分级分离或遗传操作。



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