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来自ARC阻遏物的新型β-发夹肽选择性地与B-DNA的大沟相互作用
Bioorganic Chemistry ( IF 4.5 ) Pub Date : 2021-03-22 , DOI: 10.1016/j.bioorg.2021.104836 Azzurra Stefanucci 1 , Jussara Amato 2 , Diego Brancaccio 2 , Bruno Pagano 2 , Antonio Randazzo 2 , Federica Santoro 2 , Laura Mayol 2 , Soraya Learte-Aymamí 3 , Jessica Rodriguez 3 , José Luis Mascareñas 3 , Ettore Novellino 2 , Alfonso Carotenuto 2 , Adriano Mollica 1
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更新日期:2021-04-01
Bioorganic Chemistry ( IF 4.5 ) Pub Date : 2021-03-22 , DOI: 10.1016/j.bioorg.2021.104836 Azzurra Stefanucci 1 , Jussara Amato 2 , Diego Brancaccio 2 , Bruno Pagano 2 , Antonio Randazzo 2 , Federica Santoro 2 , Laura Mayol 2 , Soraya Learte-Aymamí 3 , Jessica Rodriguez 3 , José Luis Mascareñas 3 , Ettore Novellino 2 , Alfonso Carotenuto 2 , Adriano Mollica 1
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转录因子 (TF) 在生物体的稳态中具有显着的作用,人们对它们如何识别特定 DNA 序列并与之相互作用越来越感兴趣。TFs 使用各种结构基序识别 DNA。其中,以 MetJ 和 ARC 阻遏蛋白为例的带状-螺旋-螺旋 (RHH) 蛋白形成二聚体,将反向平行的 β-折叠片插入 DNA 的大沟中。一个巨大的化学挑战包括使用 TF 识别 DNA 的原理来设计最小化的肽,以保持天然对应物的 DNA 亲和力和特异性特征。在这种情况下,反平行 β 折叠的肽模拟物非常有吸引力,因为它可以通过在 β 发夹结构中折叠单个肽链获得,并且可以短至 14 个氨基酸或更少。在此处,我们设计了八个线性和两个带有 β 发夹的环状十二肽。已经使用荧光光谱以及通过圆二色性和溶液 NMR 进行的构象分析研究了它们的 DNA 结合特性。我们发现我们的一种肽肽6,能够结合DNA,尽管没有序列选择性。值得注意的是,它显示了对 DNA 大沟的拓扑选择性,这是 ARC 和许多其他 DNA 结合蛋白的相互作用位点。此外,我们发现 I 型 β-发夹折叠模式是与 B-DNA 大沟相互作用的最喜欢的肽结构。肽6是一种有价值的先导化合物,可用于开发具有序列选择性的新型类似物。
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