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高通量原子力显微镜分析揭示了H3和CENP-A核小体的展开途径
Nanoscale ( IF 5.8 ) Pub Date : 2021-3-8 , DOI: 10.1039/d0nr08564b Sebastian F. Konrad 1, 2, 3, 4 , Willem Vanderlinden 1, 2, 3, 4 , Wout Frederickx 5, 6, 7, 8 , Tine Brouns 5, 6, 7, 8 , Björn H. Menze 4, 9, 10, 11 , Steven De Feyter 5, 6, 7, 8 , Jan Lipfert 1, 2, 3, 4
Nanoscale ( IF 5.8 ) Pub Date : 2021-3-8 , DOI: 10.1039/d0nr08564b Sebastian F. Konrad 1, 2, 3, 4 , Willem Vanderlinden 1, 2, 3, 4 , Wout Frederickx 5, 6, 7, 8 , Tine Brouns 5, 6, 7, 8 , Björn H. Menze 4, 9, 10, 11 , Steven De Feyter 5, 6, 7, 8 , Jan Lipfert 1, 2, 3, 4
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核小体是染色质的基本单位，可调节真核基因组的读出和表达。单分子实验已经揭示了力诱导的核小体可及性，但是目前缺乏在没有外力的情况下的高分辨率展开景观。在这里，我们介绍了一种基于原子力显微镜和自动多参数图像分析的高通量管道，用于分析核小体构象。我们的约10,000个核小体的数据集揭示了对应于5 bp DNA步骤的多个解缠状态。对于规范的H3核小体，我们观察到从一侧解离阻止从另一侧解缠，但是与力诱导解缠相反，我们发现仅弱的序列依赖性不对称性。值得注意的是，着丝粒的CENP-A核小体不会协同解开包裹，与H3核小体形成鲜明对比。最后，我们的结果调和了先前关于H3和CENP-A核小体之间高度差异的矛盾发现。我们希望我们的方法能够对核小体的结构和稳定性进行表观遗传调控，并促进涉及异质核蛋白复合物的未来高通量AFM研究。
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更新日期：2021-03-08
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