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蛋白质定位与 DNA 弹性之间的协同作用：蛋白质修饰的 DNA 小环的能量最小化
The Journal of Physical Chemistry B ( IF 2.8 ) Pub Date : 2021-02-26 , DOI: 10.1021/acs.jpcb.0c11612 Nicolas Clauvelin 1 , Wilma K Olson 1
The Journal of Physical Chemistry B ( IF 2.8 ) Pub Date : 2021-02-26 , DOI: 10.1021/acs.jpcb.0c11612 Nicolas Clauvelin 1 , Wilma K Olson 1
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蛋白质与 DNA 的结合有助于基因组的形成和包装以及特定遗传信息的表达。为了了解蛋白质的存在与参与此类过程的 DNA 变形之间的相互作用，我们开发了一种新方法，以在中尺度水平上最小化 DNA 片段的弹性能。我们的方法使得获得蛋白质修饰的 DNA 分子的最佳途径成为可能，其末端碱基对在空间上受到限制。我们在这项工作中专注于由选定的结构蛋白在环状 DNA 上引起的变形。我们报告了 DNA 小环在不同水平的扭转应力下的能量分布，并含有一种或两种蛋白质作为链长和蛋白质间距的函数。我们的结果揭示了双螺旋的弹性与结合蛋白诱导的 DNA 结构扭曲之间的合作。我们发现，施加的机械应力会影响蛋白质在 DNA 上的位置，而蛋白质反过来会调节机械应力，从而沿着 DNA 传播它们的存在。
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更新日期：2021-03-11
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